20世紀末の現代、高(gāo )校(xiào )生(shēng )の火(huǒ )野(yě )ヤマトは体育館で自分の名を呼ぶ巨大な「魔神」の幻影を見る。幻を振り払おうとするヤマトであったが、「魔神」とともに「見知らぬ女性」の声(shēng )が聞(wén )こえたとき、ヤマトは声に歩み寄ってしまう。 ヤマトが「魔神」によって運ばれた先は1万年前に地殻変動で海に沈(shěn )んだはずのムー大(dà )陸であった。訳が判らないヤマトに対しムーの民たちは彼を「マジンガーが選んだ救世主」と持ち上げる。彼らムーの民の守護神こそ、彼(bǐ )を現(xiàn )代(dài )から過(guò )去(qù )に運んだゴッドマジンガーであった。そんな折、ムーの民と拮抗する勢力であるドラゴニ